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| PTPRJ | Q12913 | MYO16-205 | ENST00000457511 | 7436 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 13.09 | □□□□□ -0.31 | | |
| PTPRJ | Q12913 | EIF4B-203 | ENST00000420463 | 1936 nt | APPRIS ALT2 TSL 2 BASIC | 13.08 | □□□□□ -0.31 | | |
| PTPRJ | Q12913 | IFRD1-205 | ENST00000429071 | 1938 nt | TSL 2 BASIC | 13.08 | □□□□□ -0.31 | | |
| PTPRJ | Q12913 | BMP4-202 | ENST00000417573 | 1784 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 13.08 | □□□□□ -0.31 | | |
| PTPRJ | Q12913 | BTNL8-210 | ENST00000533815 | 1600 nt | TSL 2 BASIC | 13.08 | □□□□□ -0.31 | | |
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| PTPRJ | Q12913 | NOBOX-202 | ENST00000483238 | 1980 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 13.08 | □□□□□ -0.32 | | |
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| PTPRJ | Q12913 | FP565260.3-202 | ENST00000623960 | 3274 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 13.08 | □□□□□ -0.32 | | |
| PTPRJ | Q12913 | CELF4-218 | ENST00000591287 | 3757 nt | APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC | 13.08 | □□□□□ -0.32 | | |
| PTPRJ | Q12913 | TVP23C-CDRT4-203 | ENST00000522212 | 2833 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 13.08 | □□□□□ -0.32 | | |
| PTPRJ | Q12913 | MRVI1-214 | ENST00000534266 | 2824 nt | TSL 2 BASIC | 13.08 | □□□□□ -0.32 | | |
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| PTPRJ | Q12913 | KCNAB2-206 | ENST00000378097 | 4201 nt | APPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC | 13.08 | □□□□□ -0.32 | | |
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| PTPRJ | Q12913 | TLK1-205 | ENST00000431350 | 5663 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.08 | □□□□□ -0.32 | | |
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| PTPRJ | Q12913 | LINC01511-202 | ENST00000504989 | 1616 nt | TSL 1 (best) BASIC | 13.07 | □□□□□ -0.32 | | |
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| PTPRJ | Q12913 | TIAF1-201 | ENST00000359450 | 5337 nt | APPRIS P1 BASIC | 13.07 | □□□□□ -0.32 | | |
| PTPRJ | Q12913 | CACNA1G-226 | ENST00000513689 | 6879 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 13.07 | □□□□□ -0.32 | | |
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| PTPRJ | Q12913 | CACNA1G-231 | ENST00000515165 | 6870 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 13.07 | □□□□□ -0.32 | | |
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| PTPRJ | Q12913 | WFDC2-202 | ENST00000339946 | 420 nt | TSL 1 (best) BASIC | 13.07 | □□□□□ -0.32 | | |
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| PTPRJ | Q12913 | KRTAP4-2-201 | ENST00000377726 | 763 nt | APPRIS P1 BASIC | 13.07 | □□□□□ -0.32 | | |
| PTPRJ | Q12913 | HNRNPA1P68-201 | ENST00000425806 | 979 nt | BASIC | 13.07 | □□□□□ -0.32 | | |
| PTPRJ | Q12913 | KIF9-204 | ENST00000425853 | 740 nt | TSL 2 BASIC | 13.07 | □□□□□ -0.32 | | |
| PTPRJ | Q12913 | TUSC8-201 | ENST00000432701 | 978 nt | TSL 1 (best) BASIC | 13.07 | □□□□□ -0.32 | | |
| PTPRJ | Q12913 | AC007881.1-201 | ENST00000437460 | 187 nt | BASIC | 13.07 | □□□□□ -0.32 | | |
| PTPRJ | Q12913 | AC005011.1-201 | ENST00000455206 | 210 nt | BASIC | 13.07 | □□□□□ -0.32 | | |
| PTPRJ | Q12913 | AC007622.1-201 | ENST00000488371 | 535 nt | BASIC | 13.07 | □□□□□ -0.32 | | |
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| PTPRJ | Q12913 | HOPX-209 | ENST00000508121 | 904 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 13.07 | □□□□□ -0.32 | | |