Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC24.95■■□□□ 1.59
VPS54Q9P1Q0 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms