Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 88.6 ms