Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL9A1P20849 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.5 ms