Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.8 ms