Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.12■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC38.12■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.11■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC38.11■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.11■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC38.11■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC38.11■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC38.11■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC38.11■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC38.11■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC38.11■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC38.11■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.11■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.11■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.1■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC38.1■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.1■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC38.1■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC38.1■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC38.09■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC38.09■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.09■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.09■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.09■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC38.09■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.09■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.09■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.09■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC38.09■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC38.09■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC38.08■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC38.08■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC38.08■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.08■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC38.08■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC38.07■■■■□ 3.69
CCDC88BA6NC98 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC38.07■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC38.07■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.07■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC38.07■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC38.07■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC38.07■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC38.07■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC38.06■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.06■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.06■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC38.06■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.06■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC38.06■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC38.06■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.06■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC38.06■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC38.06■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC38.05■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC38.05■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.05■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC38.05■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC38.05■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC38.05■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC38.05■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC38.04■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.04■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC38.04■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.04■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.04■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC38.04■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.04■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC38.04■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC38.04■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC38.04■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.04■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.04■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.04■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.04■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.04■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC38.03■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC38.03■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.03■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC38.03■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC38.03■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC38.03■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC38.03■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC38.03■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.03■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC38.03■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.02■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC38.02■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC38.02■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC38.02■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC38.02■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.02■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC38.01■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC38.01■■■■□ 3.68
CCDC88BA6NC98 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.01■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC38.01■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.01■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.01■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC38.01■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC38.01■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC38■■■■□ 3.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms