Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC29.14■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC29.14■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC9Q9Y3X0 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.07■■■□□ 2.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.3 ms