Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms