Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
CHD9Q3L8U1 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC23.33■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
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