Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms