Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.03■■■■□ 3.52
CUX1P39880 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC37.02■■■■□ 3.52
CUX1P39880 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC37.02■■■■□ 3.52
CUX1P39880 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.02■■■■□ 3.52
CUX1P39880 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.52
CUX1P39880 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.01■■■■□ 3.52
CUX1P39880 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.52
CUX1P39880 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.52
CUX1P39880 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC37.01■■■■□ 3.52
CUX1P39880 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.01■■■■□ 3.52
CUX1P39880 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.51
CUX1P39880 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC37■■■■□ 3.51
CUX1P39880 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC37■■■■□ 3.51
CUX1P39880 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC37■■■■□ 3.51
CUX1P39880 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC37■■■■□ 3.51
CUX1P39880 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37■■■■□ 3.51
CUX1P39880 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37■■■■□ 3.51
CUX1P39880 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC37■■■■□ 3.51
CUX1P39880 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC37■■■■□ 3.51
CUX1P39880 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37■■■■□ 3.51
CUX1P39880 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC37■■■■□ 3.51
CUX1P39880 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC37■■■■□ 3.51
CUX1P39880 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC37■■■■□ 3.51
CUX1P39880 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC37■■■■□ 3.51
CUX1P39880 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC37■■■■□ 3.51
CUX1P39880 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
CUX1P39880 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
CUX1P39880 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
CUX1P39880 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
CUX1P39880 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
CUX1P39880 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
CUX1P39880 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
CUX1P39880 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.98■■■■□ 3.51
CUX1P39880 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.98■■■■□ 3.51
CUX1P39880 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC36.98■■■■□ 3.51
CUX1P39880 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC36.98■■■■□ 3.51
CUX1P39880 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC36.97■■■■□ 3.51
CUX1P39880 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC36.97■■■■□ 3.51
CUX1P39880 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC36.97■■■■□ 3.51
CUX1P39880 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC36.97■■■■□ 3.51
CUX1P39880 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC36.97■■■■□ 3.51
CUX1P39880 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC36.97■■■■□ 3.51
CUX1P39880 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.97■■■■□ 3.51
CUX1P39880 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC36.97■■■■□ 3.51
CUX1P39880 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC36.97■■■■□ 3.51
CUX1P39880 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.97■■■■□ 3.51
CUX1P39880 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC36.96■■■■□ 3.51
CUX1P39880 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC36.96■■■■□ 3.51
CUX1P39880 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
CUX1P39880 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
CUX1P39880 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
CUX1P39880 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.95■■■■□ 3.51
CUX1P39880 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC36.95■■■■□ 3.51
CUX1P39880 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC36.95■■■■□ 3.51
CUX1P39880 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.95■■■■□ 3.51
CUX1P39880 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.95■■■■□ 3.51
CUX1P39880 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC36.95■■■■□ 3.51
CUX1P39880 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.95■■■■□ 3.51
CUX1P39880 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.95■■■■□ 3.51
CUX1P39880 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC36.95■■■■□ 3.51
CUX1P39880 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC36.95■■■■□ 3.51
CUX1P39880 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC36.95■■■■□ 3.5
CUX1P39880 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.95■■■■□ 3.5
CUX1P39880 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC36.95■■■■□ 3.5
CUX1P39880 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC36.94■■■■□ 3.5
CUX1P39880 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.94■■■■□ 3.5
CUX1P39880 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC36.94■■■■□ 3.5
CUX1P39880 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC36.94■■■■□ 3.5
CUX1P39880 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.93■■■■□ 3.5
CUX1P39880 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC36.93■■■■□ 3.5
CUX1P39880 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.93■■■■□ 3.5
CUX1P39880 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC36.93■■■■□ 3.5
CUX1P39880 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC36.93■■■■□ 3.5
CUX1P39880 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC36.92■■■■□ 3.5
CUX1P39880 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.92■■■■□ 3.5
CUX1P39880 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.92■■■■□ 3.5
CUX1P39880 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC36.92■■■■□ 3.5
CUX1P39880 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC36.92■■■■□ 3.5
CUX1P39880 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC36.92■■■■□ 3.5
CUX1P39880 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC36.92■■■■□ 3.5
CUX1P39880 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.91■■■■□ 3.5
CUX1P39880 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.91■■■■□ 3.5
CUX1P39880 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC36.91■■■■□ 3.5
CUX1P39880 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.9■■■■□ 3.5
CUX1P39880 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC36.9■■■■□ 3.5
CUX1P39880 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC36.9■■■■□ 3.5
CUX1P39880 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.9■■■■□ 3.5
CUX1P39880 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC36.9■■■■□ 3.5
CUX1P39880 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC36.9■■■■□ 3.5
CUX1P39880 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC36.9■■■■□ 3.5
CUX1P39880 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC36.9■■■■□ 3.5
CUX1P39880 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC36.9■■■■□ 3.5
CUX1P39880 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.89■■■■□ 3.5
CUX1P39880 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.89■■■■□ 3.5
CUX1P39880 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.89■■■■□ 3.5
CUX1P39880 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.89■■■■□ 3.5
CUX1P39880 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC36.89■■■■□ 3.5
CUX1P39880 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC36.89■■■■□ 3.5
CUX1P39880 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.89■■■■□ 3.5
CUX1P39880 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC36.89■■■■□ 3.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.4 ms