Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.1 ms