Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SYNE3Q6ZMZ3 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
SYNE3Q6ZMZ3 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
SYNE3Q6ZMZ3 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC25.58■■□□□ 1.68
SYNE3Q6ZMZ3 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SYNE3Q6ZMZ3 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SYNE3Q6ZMZ3 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SYNE3Q6ZMZ3 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms