Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC27.95■■■□□ 2.07
COL5A3P25940 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
COL5A3P25940 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
COL5A3P25940 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
COL5A3P25940 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
COL5A3P25940 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.05
COL5A3P25940 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL5A3P25940 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL5A3P25940 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL5A3P25940 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL5A3P25940 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL5A3P25940 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
COL5A3P25940 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL5A3P25940 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL5A3P25940 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL5A3P25940 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL5A3P25940 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL5A3P25940 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL5A3P25940 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
COL5A3P25940 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms