Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
COL9A1P20849 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL9A1P20849 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms