Protein–RNA interactions for Protein: O15259

NPHP1, Nephrocystin-1, humanhuman

Predictions only

Length 732 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP1O15259 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP1O15259 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP1O15259 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP1O15259 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC27.56■■■□□ 2
NPHP1O15259 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP1O15259 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP1O15259 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP1O15259 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP1O15259 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP1O15259 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP1O15259 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP1O15259 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC27.55■■■□□ 2
NPHP1O15259 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP1O15259 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP1O15259 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP1O15259 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP1O15259 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP1O15259 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP1O15259 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP1O15259 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP1O15259 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP1O15259 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP1O15259 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP1O15259 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP1O15259 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC27.54■■■□□ 2
NPHP1O15259 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP1O15259 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP1O15259 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC27.54■■■□□ 2
NPHP1O15259 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP1O15259 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP1O15259 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP1O15259 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP1O15259 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP1O15259 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
NPHP1O15259 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
NPHP1O15259 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
NPHP1O15259 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
NPHP1O15259 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
NPHP1O15259 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC27.53■■■□□ 2
NPHP1O15259 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
NPHP1O15259 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP1O15259 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP1O15259 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP1O15259 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP1O15259 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP1O15259 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP1O15259 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP1O15259 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP1O15259 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP1O15259 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP1O15259 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP1O15259 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP1O15259 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP1O15259 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP1O15259 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC27.51■■■□□ 2
NPHP1O15259 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC27.51■■■□□ 2
NPHP1O15259 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC27.48■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC27.47■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC27.46■■□□□ 1.99
NPHP1O15259 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC27.46■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54 ms