Protein–RNA interactions for Protein: H7C350

CCDC188, Coiled-coil domain-containing protein 188, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC188H7C350 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC188H7C350 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC188H7C350 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms