Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.2 ms