Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS28Q9UK41 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.2 ms