Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY93

DDX56, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX56Q9NY93 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
DDX56Q9NY93 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms