Protein–RNA interactions for Protein: Q9NTJ3

SMC4, Structural maintenance of chromosomes protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,288 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMC4Q9NTJ3 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC28.14■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMC4Q9NTJ3 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SMC4Q9NTJ3 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SMC4Q9NTJ3 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SMC4Q9NTJ3 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SMC4Q9NTJ3 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SMC4Q9NTJ3 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SMC4Q9NTJ3 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SMC4Q9NTJ3 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SMC4Q9NTJ3 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SMC4Q9NTJ3 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SMC4Q9NTJ3 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SMC4Q9NTJ3 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SMC4Q9NTJ3 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SMC4Q9NTJ3 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SMC4Q9NTJ3 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SMC4Q9NTJ3 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
SMC4Q9NTJ3 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SMC4Q9NTJ3 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SMC4Q9NTJ3 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SMC4Q9NTJ3 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms