Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
SYNE3Q6ZMZ3 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
SYNE3Q6ZMZ3 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.9 ms