Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
BRCA1P38398 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
BRCA1P38398 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
BRCA1P38398 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
BRCA1P38398 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
BRCA1P38398 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
BRCA1P38398 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
BRCA1P38398 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
BRCA1P38398 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
BRCA1P38398 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
BRCA1P38398 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
BRCA1P38398 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
BRCA1P38398 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
BRCA1P38398 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
BRCA1P38398 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.95
BRCA1P38398 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC27.17■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC27.16■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC27.16■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
BRCA1P38398 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms