Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC26.39■■□□□ 1.82
SCN4AP35499 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SCN4AP35499 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.8
SCN4AP35499 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
SCN4AP35499 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SCN4AP35499 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
SCN4AP35499 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SCN4AP35499 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SCN4AP35499 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SCN4AP35499 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
SCN4AP35499 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
SCN4AP35499 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SCN4AP35499 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SCN4AP35499 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SCN4AP35499 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SCN4AP35499 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SCN4AP35499 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
SCN4AP35499 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
SCN4AP35499 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
SCN4AP35499 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms