Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
SHOX2O60902 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SHOX2O60902 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SHOX2O60902 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SHOX2O60902 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SHOX2O60902 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SHOX2O60902 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SHOX2O60902 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SHOX2O60902 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SHOX2O60902 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SHOX2O60902 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SHOX2O60902 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SHOX2O60902 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms