Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CHMP3Q9Y3E7 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 228.2 ms