Protein–RNA interactions for Protein: Q9NSU2

TREX1, Three-prime repair exonuclease 1, humanhuman

Predictions only

Length 369 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TREX1Q9NSU2 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC22■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC22■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC22■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC22■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TREX1Q9NSU2 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TREX1Q9NSU2 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TREX1Q9NSU2 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TREX1Q9NSU2 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TREX1Q9NSU2 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TREX1Q9NSU2 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TREX1Q9NSU2 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TREX1Q9NSU2 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TREX1Q9NSU2 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TREX1Q9NSU2 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TREX1Q9NSU2 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TREX1Q9NSU2 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TREX1Q9NSU2 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TREX1Q9NSU2 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TREX1Q9NSU2 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TREX1Q9NSU2 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 173.1 ms