Protein–RNA interactions for Protein: Q9C037

TRIM4, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM4, humanhuman

Predictions only

Length 500 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM4Q9C037 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC21.66■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC21.65■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
TRIM4Q9C037 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM4Q9C037 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms