Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HDAC4P56524 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HDAC4P56524 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HDAC4P56524 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HDAC4P56524 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HDAC4P56524 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HDAC4P56524 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC22.89■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
HDAC4P56524 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
HDAC4P56524 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
HDAC4P56524 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
HDAC4P56524 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
HDAC4P56524 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
HDAC4P56524 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms