Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC19.97■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC19.96■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
DDX28Q9NUL7 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC19.94■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
DDX28Q9NUL7 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 131 ms