Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CHMP4AQ9BY43 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms