Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
HPS3Q969F9 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms