Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP53Q70EK8 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
USP53Q70EK8 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
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