Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC26.14■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC26.14■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL9A3Q14050 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
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