Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
BDNFP23560 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
BDNFP23560 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
BDNFP23560 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
BDNFP23560 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
BDNFP23560 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
BDNFP23560 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
BDNFP23560 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
BDNFP23560 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
BDNFP23560 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
BDNFP23560 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
BDNFP23560 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
BDNFP23560 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
BDNFP23560 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BDNFP23560 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BDNFP23560 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BDNFP23560 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
BDNFP23560 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BDNFP23560 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
BDNFP23560 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BDNFP23560 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BDNFP23560 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BDNFP23560 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BDNFP23560 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
BDNFP23560 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
BDNFP23560 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BDNFP23560 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BDNFP23560 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BDNFP23560 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
BDNFP23560 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
BDNFP23560 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
BDNFP23560 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
BDNFP23560 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
BDNFP23560 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
BDNFP23560 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
BDNFP23560 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
BDNFP23560 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
BDNFP23560 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
BDNFP23560 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
BDNFP23560 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BDNFP23560 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BDNFP23560 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
BDNFP23560 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
BDNFP23560 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BDNFP23560 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
BDNFP23560 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BDNFP23560 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BDNFP23560 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
BDNFP23560 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
BDNFP23560 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
BDNFP23560 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BDNFP23560 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
BDNFP23560 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
BDNFP23560 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
BDNFP23560 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
BDNFP23560 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BDNFP23560 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BDNFP23560 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BDNFP23560 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BDNFP23560 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BDNFP23560 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BDNFP23560 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
BDNFP23560 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BDNFP23560 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BDNFP23560 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BDNFP23560 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BDNFP23560 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BDNFP23560 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BDNFP23560 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BDNFP23560 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BDNFP23560 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BDNFP23560 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BDNFP23560 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BDNFP23560 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BDNFP23560 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BDNFP23560 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BDNFP23560 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
BDNFP23560 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BDNFP23560 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BDNFP23560 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BDNFP23560 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BDNFP23560 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
BDNFP23560 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BDNFP23560 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BDNFP23560 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BDNFP23560 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BDNFP23560 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BDNFP23560 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BDNFP23560 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BDNFP23560 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BDNFP23560 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
BDNFP23560 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
BDNFP23560 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BDNFP23560 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BDNFP23560 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BDNFP23560 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
BDNFP23560 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
BDNFP23560 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
BDNFP23560 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
BDNFP23560 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms