Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms