Protein–RNA interactions for Protein: P03956

MMP1, Interstitial collagenase, humanhuman

Predictions only

Length 469 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MMP1P03956 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
MMP1P03956 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
MMP1P03956 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
MMP1P03956 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
MMP1P03956 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
MMP1P03956 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
MMP1P03956 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
MMP1P03956 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
MMP1P03956 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
MMP1P03956 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
MMP1P03956 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
MMP1P03956 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
MMP1P03956 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
MMP1P03956 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
MMP1P03956 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
MMP1P03956 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
MMP1P03956 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
MMP1P03956 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
MMP1P03956 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
MMP1P03956 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
MMP1P03956 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
MMP1P03956 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
MMP1P03956 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
MMP1P03956 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
MMP1P03956 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
MMP1P03956 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
MMP1P03956 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
MMP1P03956 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
MMP1P03956 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
MMP1P03956 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
MMP1P03956 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
MMP1P03956 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
MMP1P03956 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
MMP1P03956 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
MMP1P03956 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
MMP1P03956 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
MMP1P03956 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
MMP1P03956 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
MMP1P03956 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
MMP1P03956 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
MMP1P03956 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
MMP1P03956 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
MMP1P03956 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
MMP1P03956 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
MMP1P03956 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
MMP1P03956 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
MMP1P03956 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
MMP1P03956 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
MMP1P03956 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
MMP1P03956 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
MMP1P03956 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
MMP1P03956 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
MMP1P03956 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
MMP1P03956 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
MMP1P03956 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
MMP1P03956 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
MMP1P03956 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
MMP1P03956 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
MMP1P03956 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
MMP1P03956 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
MMP1P03956 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
MMP1P03956 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
MMP1P03956 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
MMP1P03956 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
MMP1P03956 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
MMP1P03956 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
MMP1P03956 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
MMP1P03956 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
MMP1P03956 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
MMP1P03956 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
MMP1P03956 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
MMP1P03956 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
MMP1P03956 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
MMP1P03956 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
MMP1P03956 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
MMP1P03956 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
MMP1P03956 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
MMP1P03956 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
MMP1P03956 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
MMP1P03956 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
MMP1P03956 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
MMP1P03956 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
MMP1P03956 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
MMP1P03956 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
MMP1P03956 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
MMP1P03956 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
MMP1P03956 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
MMP1P03956 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
MMP1P03956 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
MMP1P03956 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
MMP1P03956 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
MMP1P03956 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
MMP1P03956 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
MMP1P03956 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
MMP1P03956 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
MMP1P03956 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
MMP1P03956 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
MMP1P03956 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
MMP1P03956 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
MMP1P03956 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 129.7 ms