Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
ATG4BQ9Y4P1 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
ATG4BQ9Y4P1 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
ATG4BQ9Y4P1 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC20.97■□□□□ 0.95
ATG4BQ9Y4P1 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
ATG4BQ9Y4P1 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
ATG4BQ9Y4P1 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
ATG4BQ9Y4P1 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
ATG4BQ9Y4P1 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
ATG4BQ9Y4P1 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
ATG4BQ9Y4P1 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
ATG4BQ9Y4P1 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
ATG4BQ9Y4P1 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
ATG4BQ9Y4P1 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
ATG4BQ9Y4P1 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
ATG4BQ9Y4P1 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC20.95■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC20.93■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC20.93■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC20.91■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC20.89■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.94
ATG4BQ9Y4P1 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.89■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC20.89■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms