Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CHMP3Q9Y3E7 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC27.57■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC27.56■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC27.56■■■□□ 2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 80.5 ms