Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
CCL28Q9NRJ3 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCL28Q9NRJ3 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 126.1 ms