Protein–RNA interactions for Protein: Q9BSE4

HERPUD2, Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERPUD2Q9BSE4 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HERPUD2Q9BSE4 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC23■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HERPUD2Q9BSE4 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms