Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.4 ms