Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC17.46■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.7 ms