Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms