Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC23■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC23■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL9A1P20849 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms