Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
COL6A1P12109 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms