Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC25.64■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms