Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
MSH5O43196 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC29.53■■■□□ 2.32
MSH5O43196 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
MSH5O43196 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
MSH5O43196 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
MSH5O43196 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
MSH5O43196 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
MSH5O43196 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
MSH5O43196 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
MSH5O43196 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
MSH5O43196 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
MSH5O43196 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
MSH5O43196 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
MSH5O43196 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
MSH5O43196 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
MSH5O43196 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
MSH5O43196 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC29.51■■■□□ 2.31
MSH5O43196 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC29.51■■■□□ 2.31
MSH5O43196 LINC01431-201ENST00000442440 514 ntTSL 3 BASIC29.51■■■□□ 2.31
MSH5O43196 AC091489.1-201ENST00000563866 691 ntTSL 3 BASIC29.51■■■□□ 2.31
MSH5O43196 AL451064.1-201ENST00000607718 471 ntBASIC29.51■■■□□ 2.31
MSH5O43196 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC29.51■■■□□ 2.31
MSH5O43196 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
MSH5O43196 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
MSH5O43196 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
MSH5O43196 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
MSH5O43196 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
MSH5O43196 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
MSH5O43196 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
MSH5O43196 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
MSH5O43196 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
MSH5O43196 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
MSH5O43196 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
MSH5O43196 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC29.5■■■□□ 2.31
MSH5O43196 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
MSH5O43196 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
MSH5O43196 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
MSH5O43196 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
MSH5O43196 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
MSH5O43196 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC29.5■■■□□ 2.31
MSH5O43196 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
MSH5O43196 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
MSH5O43196 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
MSH5O43196 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
MSH5O43196 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
MSH5O43196 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
MSH5O43196 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
MSH5O43196 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
MSH5O43196 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
MSH5O43196 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
MSH5O43196 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
MSH5O43196 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
MSH5O43196 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
MSH5O43196 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
MSH5O43196 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
MSH5O43196 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
MSH5O43196 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
MSH5O43196 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
MSH5O43196 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
MSH5O43196 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
MSH5O43196 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
MSH5O43196 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
MSH5O43196 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
MSH5O43196 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
MSH5O43196 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
MSH5O43196 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
MSH5O43196 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
MSH5O43196 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
MSH5O43196 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
MSH5O43196 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
MSH5O43196 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
MSH5O43196 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
MSH5O43196 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
MSH5O43196 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
MSH5O43196 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
MSH5O43196 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
MSH5O43196 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
MSH5O43196 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
MSH5O43196 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
MSH5O43196 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
MSH5O43196 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
MSH5O43196 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
MSH5O43196 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
MSH5O43196 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC29.46■■■□□ 2.31
MSH5O43196 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
MSH5O43196 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
MSH5O43196 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
MSH5O43196 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
MSH5O43196 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
MSH5O43196 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC29.46■■■□□ 2.31
MSH5O43196 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
MSH5O43196 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
MSH5O43196 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
MSH5O43196 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
MSH5O43196 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
MSH5O43196 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
MSH5O43196 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
MSH5O43196 Z97985.1-201ENST00000332270 946 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
MSH5O43196 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
MSH5O43196 AL355478.1-201ENST00000431686 821 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.2 ms