Protein–RNA interactions for Protein: H3BMG3

SMKR1, Small lysine-rich protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 65 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMKR1H3BMG3 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SMKR1H3BMG3 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms