Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 117 ms